Mientras que la agricultura orgánica trabaja con la naturaleza, conservando la biodiversidad, la agricultura industrial busca controlar a la naturaleza promoviendo siembras uniformes.

Practicar la agricultura orgánica es cada vez más difícil ya que los conglomerados agroquímicos buscan poseer y alterar los genes de todas las semillas que producen el alimento de los pueblos. Sus medios para un control total incluyen acabar con la producción tradicional de semillas a favor de las semillas transgénicas o genéticamente modificadas, las cuales son patentables.

Para acelerar esto, algunas compañías están promoviendo nuevas regulaciones. 

Los campesinos orgánicos también están teniendo cada vez más dificultad para proteger a las siembras genéticamente naturales que cultivan de la polinización cruzada al estar cerca de siembras transgénicas.

Estas alteraciones en nuestro sistema alimenticio ignoran los principios fundamentales de la agricultura y la alimentación ecológicas y esto puede causar estragos impredecibles.

Muchos científicos concuerdan en que a largo plazo, el incremento en los monocultivos, por ejemplo de variedades de frijol de soya provenientes de sólo unas pocas cepas genéticas aumentará la vulnerabilidad de las siembras a las enfermedades.

Además de enfocarse en una sola inmensa siembra, la agricultura industrial elimina los elementos indeseables en un sistema de producción (como una plaga) al ejercer una fuerza externa (como un pesticida) sin tomar en cuenta el costo ecológico, tal como el envenenamiento de los polinizadores.

Según el entomólogo Prof. Edward Wilson, debemos de considerar el hecho, por ejemplo, que uno de cada de tres bocados de alimento que comemos depende de los polinizadores. Si nuestros sistemas de agricultura continúan dañando a los polinizadores la productividad de las siembras sufrirá. 

Cuando fue introducida la agricultura orgánica a principios de 1900, los proponentes como Rudolph Steiner y otros estaban preocupados por el rompimiento de conexiones ecológicas vitales que estaban siendo ignoradas por la entonces emergente agricultura industrial. Ellos sabían que si no manteníamos la salud del ecosistema completo, entonces la agricultura no podría mantenerse productiva a la larga.

La agricultura orgánica reconoce que la naturaleza es un ecosistema uniforme, sin embargo, consiste en muchas diferentes áreas ecológicas, cada una hecha de redes de especies de animales y plantas interdependientes, numerosas y locales. Así que cada granja orgánica necesita encajar en su vecindad ecológica local. Cuando encajamos las prácticas de siembra en un sistema natural diverso, el sistema mismo cuida de los problemas de producción. En la agricultura orgánica, el terreno se ve como un organismo, no como una fábrica.

La historia nos demuestra que los sistemas donde los terrenos agrícolas están diseñados para encajar en las inmediaciones ecológicas locales, para alimentar gentes locales, son los mas sustentables y productivos.

Tal vez la actividad de agricultura y alimentos más esperanzadora hoy es aquella que la industria orgánica ha ignorado enormemente - un movimiento de raíces -- que dramáticamente reduce la distancia entre los agricultores y los consumidores. Este nuevo sistema alimenticio incluye la agricultura por subscripción o la agricultura apoyada por la comunidad, en la cual los ciudadanos locales contratan directamente con los agricultores para que cultiven ciertos alimentos orgánicos para ellos. El objetivo es asegurar un suministro adecuado de semillas genéticamente naturales.

La mayoría de los cambios dramáticos en las sociedades, como el movimiento de los derechos civiles, fueron iniciados por gente local. Se necesita iniciar conversaciones acerca de los sistemas alimenticios sustentables en las comunidades locales.

Según la organización RAFI, los agricultores que usen semillas genéticamente modificadas serán atrapados en sistemas de control biológico que inevitablemente llevarán a la bioservidumbre. La capacidad de insertar y manipular externamente secuencias vitales de ADN en los cultivos (y posiblemente en insectos y ganado) amenaza la soberanía nacional sobre los recursos agrícolas y otros recursos biológicos.

En su página de internet, la organización RAFI afirma que la particularidad más obvia de esta biotecnología es la secuencia suicida de los genes exóticos, la cual es activada por un antibiótico y hace que la semilla se vuelva infértil en la siguiente generación. Agronómicamente, Terminator no ofrece ni la más mínima ventaja. Asimismo dicen que la realidad biológica de esta estrategia monopólica oculta facetas aún más oscuras de esta tecnología. Las dos patentes originales de Terminator -USDA/Monsanto (U.S. Patent #5,723,765 concedida el 3 de marzo de 1998) y AstraZeneca (U.S. Patent # 5,808,034 concedida el 15 de septiembre de 1998) - prueban que es posible activar y desactivar genes específicos o, posiblemente, característcas multigenéticas -mediante la aplicación del catalizador externo que la compañía prefiera. A pesar de que el uso de la tecnología para crear esterilidad parece ser la posibilidad más lucrativa, RAFI piensa que la misma estrategia podría también promover otros carácteres con nuevas consecuencias negativas.

Hay un rechazo Europeo al maíz y a la soya transgénicos americanos debido a la resistencia de los consumidores. Dentro de los últimos 3 meses, grandes procesadores multinacionales de alimentos y proveedores de productos de primera necesidad, tales como Nestle, Cadbury, Unliever, Cargil y ConAgra han decidido dejar de vender alimentos genéticamente modificados en Europa. Sin embargo, siguen distribuyéndolos en el mercado de los EE.UU. (The Green Guide, p. 3, August 1999). Los Europeos no sólo evitan los alimentos hechos a partir de semillas transgénicas sino también están luchando contra las exportaciones americanas de otros organismos genéticamente modificados, particularmente la leche y las reses de ganado que ha sido tratado con hormonas. Debido a que esto podría dañar los agro negocios, aparentemente el gobierno americano está preocupado por la aceptación pública de estos productos (Herbs for Health, p. 76, Nov/Dec 1999). 

Un nuevo reporte de la Asociación Médica Británica, "la biotecnología, las armas y la humanidad" advierte que la tecnología para habilitar a los científicos a hacer armas biológicas, las cuales solamente afectarían poblaciones específicas, podría estar lista dentro de 5 años. Se está incitando a los biólogos Británicos a tomar mayor responsabilidad por los riesgos potenciales de su trabajo.

El proyecto del genoma y el proyecto de diversidad del genoma no están mapeando solamente los genes de la humanidad, sino también están revelando las diferencias genéticas entre grupos de gente. Por ejemplo, un artículo en el American Journal of Human Genetics, Vol. 60, página 957 muestra cómo es posible desarrollar juegos de marcadores genéticos que distinguen entre Africanos, Americanos, Europeos o Hispánicos. Esto sería suficiente para que los diseñadores de armas biológicas, crearan bacterias, las cuales solamente infectarían a las personas que pertenezcan a uno de estos grupos (New Scientist Enero 30, 1999, p. 45).

Los debates sobre la biotecnología se han concentrado en la posibilidad de riesgos dietéticos imprevistos por los cambios genéticos en los alimentos y por lo tanto en los productos alimenticios (Matutation Research, 1999;443:223).